Kościół murowany wzniósł kanclerz koronny Kazimierz Bieliński w roku 1632. Natomiast marszałek wielki koronny, Franciszek Bieliński, przebudował kościół w latach 1733-1737 (projekt przypisuje się Jakubowi Fontanie). Świątynię konsekrował biskup płocki, Andrzej Załuski, w roku 1733, w niedzielę po uroczystości Świętych Apostołów Piotra i Pawła. W roku 1704 do Karczewa na dwa dni przybywa król szwedzki Karol XII i Stanisław Leszczyński.

Najstarszą częścią jest kaplica Karczewskich z 1541 roku, dobudowana pierwotnie do świątyni drewnianej. Podczas pożaru miasta w 1865 kościół ponownie spłonął, z którego pozostały tylko szczątki. Odbudowę finansowali ówcześni dziedzice Kurtzowie. W latach 1910 – 1913 kościół był rozbudowany według projektu Hugona Kudery: dobudowano transept, dwie sąsiadujące z nim kaplice od zachodu oraz prezbiterium z zakrystią. Konsekrował go Kard. Aleksander Kakowski, 20 czerwca 1915 roku. Kościół parafialny w Karczewie wiele ucierpiał w roku 1944, ale wszystkie zniszczenia odbudowano i przywrócono pierwotny wygląd świątyni.

W Karczewie były niegdyś słynne dzwony z lat 1618 i 1668, ale zabrali je Niemcy w 1941roku; obecnie dzwony (Józef, Franciszek i Antoni), są umieszczone w dzwonnicy murowanej wybudowanej w XVIII wieku, poświęcił Kard. August Hlond 29 lipca 1946 roku.